シカジーニアス® 分子疫学解析 POTキット
POT（PCR-based ORF Typing）法は、マルチプレックスPCRにより複数の特定遺伝子を同時に増幅し、アガロース電気泳動で検出された増幅バンドパターンの解析を行い、数値化（POT値）することで菌体間の相同性を比較する方法です。
「シカジーニアス® 分子疫学解析 POTキット」は、POT法の原理を用いた分子疫学解析のためのPCRキットです。
シカジーニアス® POTキット キット構成
| 構成試薬 | 製品画像 | |
|---|---|---|
| 試薬A（ラベル白） | AptaTaq DNA Master（5×Conc.）※1 |  |
| 試薬B（ラベル赤） | PCRサプリメント | |
| 試薬C（ラベル紫） | プライマーミックスα | |
| 試薬D（ラベル緑） | プライマーミックスβ | |
| 試薬E（ラベル黄） | ポジティブコントロール | |
| 試薬F（ラベル青） | 6×ローディングバッファー | |
※1：AptaTaq DNA Master（5×Conc.）は、Roche Diagnostics K.K.の商品です。
特 徴
- 約4時間以内で分子疫学解析が可能
- PFGEまたはMLSTと同程度の識別能（キットによって識別能は異なります）
- 電気泳動像の解析結果を数値化し（POT値）、菌体間の相同性の比較・管理が可能
製品ラインナップ
●最新の価格・在庫・SDS等は弊社試薬情報検索サイト「Cica-Web」でご確認いただけます。
黄色ブドウ球菌用
メチシリン耐性黄色ブドウ球菌（MRSA）は医療関連感染の主な原因菌であり、この蔓延防止には菌体間の相同性などを解析し、適切な拡散予防策を講じる必要があります。
- 菌体の識別、一部MRSAクローンのCC型・SCCmec型の推定が行えます。
- 識別能：PFGEと同等（MRSAにおいて）
緑膿菌用
緑膿菌は、自然環境中に存在する代表的な常在菌の一種です。医療感染関連においては、主要な抗生物質に対して広く耐性を獲得した多剤耐性緑膿菌（MDRP）が問題となっています。
- 菌体の識別、一部ST型の推定、薬剤耐性遺伝子（VIM, IMP）の保有状況の確認が行えます。
- 識別能：MLSTと同等
アシネトバクター用
アシネトバクター属菌は、医療環境を含め、自然環境中に広く存在する日和見感染菌です。近年、各種抗生物質に対して広く耐性を獲得した多剤耐性アシネトバクター属（MDRA）が問題となっています。
- アシネトバクター属菌の菌種の識別、A. baumannii の菌株識別、ST型、国際流行クローンの推定が行えます。
- 識別能：MLSTと同等
大腸菌用
大腸菌は、自然環境中に広く存在する日和見感染菌です。医療機関においては、食中毒や院内感染といった集団感染の原因となることが多く、感染管理が重要となります。
- 菌種の識別、一部ST型（特にST131）の推定、ESBL遺伝子（CTX-M-1, 2, 9）の保有状況の確認が行えます。
- 識別能：PFGEと同等（ST131グループにおいて）
C. ディフィシル用
Clostridium difficile (Clostridioides diffiicile)は、抗菌薬関連下痢症・偽膜性大腸炎の主要な起因菌であるため、医療関連感染の点から重要であり、日常的な感染管理対策が必要です。
- 菌種の識別、クローン同定、Toxin遺伝子（Toxin A, B, binary toxin）の保有状況の確認が行えます。
- 識別能：PCR-ribotypingと同等
E. クロアカ complex用
Enterobacter cloacae complex (ECC)は、E. cloacae の近縁菌種の総称であり、その中の一部はカルバペネマーゼ産生腸内細菌目細菌（CPE）としても問題となっております。
- ECC主要菌種の推定、E. hormaechei と E. asburiae like（大部分の E. asburiae と 一部の E. roggenkampii）菌属の識別・ST型推定、IMP-1 の保有状況の確認が行えます。
- 識別能：MLSTと同等（E. hormaechei, E. asburiae like において）
- 操作手順、試薬調製、解析の詳細は取扱い説明書をご参照ください。取扱い説明書は、こちらからダウンロードできます。
※シカジーニアス® POTキットは試験・研究用として販売しております。ヒトや動物を対象にした医療や臨床診断の目的には使用しないでください。
解析例（黄色ブドウ球菌）
電気泳動のパターン
図１ 電気泳動のパターンの実例（各n=2）
⊕ クリックして拡大50 ：50 bp DNAラダー
P ：ポジティブコントロール
1 ：ATCC® 700699（MRSA Mu50）
2 ：ATCC® BAA-1556（MRSA USA300）
3 ：ATCC® 43300（MRSA）
4 ：ATCC® 25923（MSSA）
5 ：ATCC® 29213（MSSA）
6,7：集団感染事例１から得られた臨床分離株
8,9：集団感染事例２から得られた臨床分離株
藤田医科大学 鈴木匡弘先生のご厚意により、電気泳動パターンの実例データをご提供頂きました。
バンドパターン
表１ 検出ORFの種類とそのPCR増幅産物サイズ
| No. | 増幅サイズ(bp) | ターゲット領域 | |
|---|---|---|---|
Reaction mixture 1 |
femA | 601 | S. aureus positive control |
| 1-1 | 530 | mecA | |
| 1-2 | 449 | mec gene complex class B | |
| 1-3 | 355 | SCCmec type Ⅱa specific | |
| 2-1 | 304 | Tn554 | |
| 2-2 | 271 | プロファージ | |
| 2-3 | 228 | プロファージ | |
| 2-4 | 197 | プロファージ | |
| 2-5 | 161 | プロファージ | |
| 2-6 | 131 | プロファージ | |
| 2-7 | 104 | プロファージ | |
| 2-8 | 81 | Genomic Island | |
| Reaction mixture 2 |
femA | 601 | S. aureus positive control |
| 1-4 | 477 | cassette chromosome recombinase A2 | |
| 1-5 | 388 | 遺伝的バックグラウンド(Genomic Islet) | |
| 1-6 | 320 | 遺伝的バックグラウンド(Genomic Islet) | |
| 1-7 | 273 | mec gene complex class A | |
| 3-1 | 243 | プロファージ | |
| 3-2 | 197 | プロファージ | |
| 3-3 | 171 | プロファージ | |
| 3-4 | 140 | プロファージ | |
| 3-5 | 115 | プロファージ | |
| 3-6 | 95 | プロファージ | |
| 3-7 | 78 | プロファージ |
解析結果
- 2つのマルチプレックスPCRの電気泳動結果（図１）からバンドパターン（表１）を読み取ります。
- この電気泳動のバンドの有無の結果を用いて、POT値解析用エクセルシートに二進法（0 または 1）で入力し、3つのカテゴリーのPOT値を算出します。この3つのPOT値は、1つの遺伝子型（POT型）になります。
- femAが陽性の場合、その検体は黄色ブドウ球菌であることが確認できます。
MRSAの場合、POT 1の値の合計は64以上になります。 - 検体間のPOT値を比較することで、菌体間の相同性を客観的に推測できます。
- 集団感染から得られた菌体（6と7、8と9）は、POT 1～3のPOT値が全て同一になります。
- femAが陽性の場合、その検体は黄色ブドウ球菌であることが確認できます。
| カテゴリー | サンプル番号 | ||||||||
| 1 | 2 | 3 | 4 | 5 | 6 | 7 | 8 | 9 | |
| POT 1 | 93 | 106 | 95 | 6 | 4 | 93 | 93 | 73 | 73 |
| POT 2 | 255 | 77 | 136 | 16 | 58 | 190 | 190 | 156 | 156 |
| POT 3 | 96 | 113 | 66 | 35 | 112 | 103 | 103 | 120 | 120 |
| 6, 7：同一菌株と推定 | 8, 9：同一菌株と推定 | ||||||||
- POT値解析用エクセルファイルおよびキットの取扱い説明書は、こちらからダウンロードできます。
トータルソリューションのご提案
当社ではサンプルの前処理から遺伝子検出まで、すべての過程をサポートする試薬・機器を取り扱っております。
シカジーニアス® POTキットを用いた遺伝子解析手順と使用試薬・機器
| 手 順 | 試 薬 | 機 器 | ||
| サンプル |  |
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| 分離培養 | 分離培地 |  |
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リキッドハンドリング製品 遠心機・インキュベーター |
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| 核酸抽出 | シカジーニアス® 核酸抽出試薬シリーズ |
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| DNA増幅 | シカジーニアス® POTキットシリーズ |
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PCR装置 | |
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| DNA分離 | 関連試薬 | 電気泳動装置 | キャピラリー 電気泳動装置 QIAxcel |
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| 染 色 | ||||
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| 撮 影 | ゲル撮影装置 | |||
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| 解 析 | POT値の算出。 | 各検体でのPOT値の比較解析。 | ||
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- 操作手順、試薬調製、解析の詳細は取扱い説明書をご参照ください。
取扱い説明書およびPOT値解析用エクセルファイルは、こちらからダウンロードできます。
関連製品
分離培養用培地
クロモアガー™ シリーズ
発色基質を使用したクロモアガー™シリーズは、目的微生物のコロニーを特異的に色分けして分離・スクリーニングできる培地です。薬剤耐性菌を効率的に分離できるスクリーニング培地も数多く取り揃えており、お客様の効率的な分離培養をサポートいたします。
- 微生物の種類をコロニーの色分けでスクリーニング可能
- 様々な菌種・薬剤耐性菌のスクリーニング培地をご用意
- 色素が菌体内に蓄積するため、隣接したコロニーの影響を受けにくい
mSuperCARBA
※製品名が青い字で表記されている製品は、画像をクリックすると価格・在庫等が確認できます。
核酸抽出試薬
シカジーニアス® 核酸抽出試薬シリーズ
シカジーニアス® 核酸抽出試薬は、微生物や動物などの細胞からゲノムDNAを効率よく抽出するための試薬です。本試薬と目的試料を混合し、インキュベーションするだけの簡単な操作で、最短10分でPCRテンプレートが調整できます。目的試料に合わせたプロトコルもございますので、お気軽にお問い合わせください。
| 製品画像 | 製品コード | 製品名（規格：分子生物学用） | 包装 | 備考 |
|---|---|---|---|---|
|
08178-96 | シカジーニアス® DNA抽出試薬 | 1pack(120回分) | スタンダードな核酸抽出試薬 |
| 08199-96 | シカジーニアス® DNA抽出試薬 AN | 1pack(120回分) | 抽出効率が高いストロングタイプ | |
| 08210-96 | シカジーニアス® DNA抽出試薬 ST | 1pack(120回分) | 動物組織サンプルに最適 |
※価格・在庫等は製品コードをクリックしてご確認ください。画像をクリックすると拡大画像が表示されます。
関連試薬
シカジーニアス® POTキット遺伝子解析 推奨試薬
| 用途 | 製品コード | 製品名 | 規格 | 包装 |
|---|---|---|---|---|
| 核酸抽出 | 08178-96 | シカジーニアス® DNA抽出試薬 | 分子生物学用 | 1pack(120回分) |
| DNA分離 | 01089-23 | アガロースKANTO HC（短フラグメント用） | 電気泳動用 | 100g |
| DNA分離 | 46510-79 | 10× TBE緩衝液 | 電気泳動用 | 1L |
| 染色 | 14575-43 | 臭化エチジウム溶液 | 電気泳動用 | 10mL |
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リキッドハンドリング製品
BRAND社マイクロピペッター
| 製品画像 | 製品コード | 製品名 | 包装 |
|---|---|---|---|
 |
70022-32 | トランスファーペッテS デジタル容量可変式 0.5-10μL | 1台 |
| 70022-35 | トランスファーペッテS デジタル容量可変式 10-100μL | 1台 | |
| 70022-37 | トランスファーペッテS デジタル容量可変式 100-1000μL | 1台 | |
 |
70267-02 | フィルターチップ チップボックス 0.5-10μL 滅菌済 BIO-CERT® | 96本x10 |
| 70267-10 | フィルターチップ チップボックス 5-100μL 滅菌済 BIO-CERT® | 96本x10 | |
| 70267-17 | フィルターチップ チップボックス 50-1000μL 滅菌済 BIO-CERT® | 96本x10 |
※価格・在庫等は製品コードをクリックしてご確認ください。画像をクリックすると拡大画像が表示されます。
PCR装置
Roche社製リアルタイムPCR装置・ASTEC社製サーマルサイクラー
Roche社製リアルタイムPCR装置、ASTEC社製サーマルサイクラーを取り扱っております。
グラジエント仕様
※製品名が青い字で表記されている製品は、画像をクリックすると価格・在庫等が確認できます。
電気泳動装置
Mupid社製電気泳動装置・アクセサリ
ミューピッド社製サブマリン型電気泳動装置Mupid®シリーズを取り扱っております。スタ ンダードモデルのMupid® -2plusや多機能型のMupid® -exUなどを始め、最上位機種のMupid® -One を販売しております。
※製品名が青い字で表記されている製品は、画像をクリックすると価格・在庫等が確認できます。
ゲル撮影装置
各社ゲル撮影装置を取り扱っております。
トランスイルミネーターUVA15
LEDトランスイルミネーター
LEDT-1610
※製品名が青い字で表記されている製品は、画像をクリックすると価格・在庫等が確認できます。
その他の機器
Mini-7KS
BI-526
※製品名が青い字で表記されている製品は、画像をクリックすると価格・在庫等が確認できます。
キャピラリー電気泳動装置 QIAxcel（QIAGEN社製）
QIAxcel Connect は、DNA/RNAゲル解析に代わるキャピラリー電気泳動装置です。簡単な操作で、1ランあたり最高96サンプルの完全自動解析が可能です。
- マニュアル操作なしに最大96サンプルの高速解析が可能
- 12サンプルのDNAフラグメントを5～25分で解析
- 0.1ng/µLの核酸濃度でも正確な結果
- 3～5bpの高い分析能で正確な解析（500bp以下）
- 即使用可能なゲルカートリッジで安全かつ簡単なシステム
- 解析に便利なデジタルデータを出力
- POT値算出補助機能（オプション）
QIAxcel Connctのピークコーリング機能とPOT値自動計算補助ソフトを使用することで、QIAxcel電気泳動結果からPOT値の自動算出が可能
QIAxcel Connect 解析例
「シカジーニアス® 分子疫学解析POTキット 黄色ブドウ球菌用」の増幅産物の解析（10検体を解析する場合）
- 使用したキット ・ アラインメントマーカー
QIAxcel DNA High Resolution Kit(1200) ・ QX アラインメントマーカー 15 bp/1 kb
※価格・在庫等は製品名をクリックしてご確認ください。
- 所要時間 ： 約20分
ゲル作成 ： 0分
キャピラリー電気泳動 ： 約10分ｘ2ラン
EtBr染色 ： 0分
アガロースゲル電気泳動の場合：約130分（ゲル作成30分、泳動60分、染色・脱色40分）
資料ダウンロード
POT値解析用エクセルファイル（ZIP)
取扱い説明書（PDF)
参考資料（PDF)
POTキット ユーザーズサーベイに関して
弊社では、シカジーニアス® 分子疫学解析POTキットをご使用の施設様を対象としたユーザーズサーベイを年１回実施しております。
本ユーザーズサーベイは外部精度管理（検査室間精度管理）の一つであり、弊社キットを用いてブラインド試料のPOT型を算出していただくものです。これによって、本キットでの検査結果の妥当性や施設間誤差を確認すると同時に、各施設での検査精度管理や分析技術の向上に役立てることができます。
ご参加ご希望の施設様は、弊社担当営業までお問い合わせください。
POTキットユーザーズサーベイにご参加いただくには、事前にシカジーニアス製品のユーザー登録が必要です。ユーザー登録がお済みでない施設様は下のボタンをクリックして、登録フォームよりユーザー登録をお願いいたします。
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