シカジーニアス® 分子疫学解析POTキット（アシネトバクター属菌用）
アシネトバクター属菌は、医療環境を含め、自然環境中に広く存在する日和見感染菌です。また、抗菌薬に高度耐性を示すアシネトバクター属菌も含め監視することが、医療関連感染対策を講じる上で重要とされています。
名古屋大学の荒川先生ならびに藤田医科大学の鈴木先生によって開発されたPCR-based ORF Typing（POT法）では、マルチプレックスPCRを用い、アシネトバクター属菌の保有する複数の特定遺伝子領域を増幅し、アガロースゲル電気泳動法によって分離されたバンドパターンを数値化することで、菌種の簡易同定およびA. baumanniiの菌株識別と国際流行クローンの識別ができます。
＊本試験法は、厚生労働科学研究費補助金 新興・再興感染症に対する革新的医薬品等開発推進事業（H24-新興-一般-010）により開発されたものです。
特徴
- 菌種の簡易同定（A. baumannii，A. pittii，A. nosocomialis，A. sp. close to 13 TU）が可能
- A. baumanniiの菌株識別が可能
- A. baumanniiの国際流行クローン（International cloneⅠおよびⅡ）の識別が可能
- Multilocus Sequence Typing（MLST）法とほぼ同等の識別能
キット構成
| 個別名称 | 容量 | 数量 | |
|---|---|---|---|
| 試薬A | AptaTaq DNA Master（5×Conc.）* | 240 μL | 1 本 |
| 試薬B | PCRサプリメント | 240 μL | 1 本 |
| 試薬C | プライマーミックスα | 120 μL | 1 本 |
| 試薬D | プライマーミックスβ | 120 μL | 1 本 |
| 試薬E | ポジティブコントロール | 240 μL | 1 本 |
| 試薬F | 6×ローディングバッファー | 240 μL | 1 本 |
＊AptaTaq DNA Master（5×Conc.）は、Roche Diagnostics K.K.の商品です。
操作手順
- 分離した菌株を純培養
- DNA抽出を行い、テンプレートDNAを調製
- 2種類のマルチプレックスPCR
- アガロースゲル電気泳動
- バンドパターンの読み取り
- POT値の算出
- 各検体でのPOT値の比較解析
解析方法
電気泳動のパターン
50 ： 50 bp DNAラダー
PC：ポジティブコントロール
1,2：A. baumannii（ST2）同一事例から得られた臨床分離株
3：A. baumannii（ST2）
4：A. baumannii（ST2）多剤耐性 A. baumannii
5：A. baumannii（ST1）ATCC® BAA1605
6：A. baumannii（ST1）
7：A. baumannii（ST152）
8：A. baumannii（ST34）
9：A. pittii
10：A. nosocomialis
11：A. sp. close to A. nosocomialis
名古屋大学の荒川宜親先生と藤田医科大学 鈴木匡弘先生のご厚意により、電気泳動パターンの実例データをご提供頂きました。
検出ORFの種類（ターゲット領域）とそのPCR増幅産物サイズ
| POT No. | 増幅サイズ（bp） | ターゲット領域 | |
|---|---|---|---|
Reaction mixture 1 |
PCR PC | 553 | atpA |
| A. baumannii | 465 | OXA-51 | |
| A. pittii | 401 | Specific gene | |
| A. nosocomialis | 362 | Specific gene | |
| A. sp. close to 13TU | 321 | Specific gene | |
| POT 1-1 | 271 | Genomic Islet-1 | |
| POT 1-2 | 234 | Genomic Islet-2 | |
| POT 1-3 | 189 | Genomic Islet-3 | |
| POT 1-4 | 151 | Genomic Islet-4 | |
| POT 1-5 | 122 | Genomic Islet-5 | |
| POT 1-6 | 102 | Genomic Islet-6 | |
| POT 1-7 | 81 | Genomic Islet-7 | |
| Reaction mixture 2 |
PCR PC | 565 | OXA-51 |
| POT 2-1 | 457 | Genomic Island-1 | |
| POT 2-2 | 388 | Genomic Island-2 | |
| POT 2-3 | 329 | Genomic Island-3 | |
| POT 2-4 | 280 | Genomic Island-4 | |
| POT 2-5 | 237 | Genomic Island-5 | |
| POT 2-6 | 209 | Genomic Island-6 | |
| POT 3-1 | 185 | Genomic Island-7 | |
| POT 3-2 | 160 | Genomic Island-8 | |
| POT 3-3 | 139 | Genomic Island-9 | |
| POT 3-4 | 120 | Genomic Island-10 | |
| POT 3-5 | 101 | Genomic Island-11 | |
| POT 3-6 | 81 | Genomic Island-12 |
- 2つのマルチプレックスPCRの電気泳動結果からバンドパターンを読み取ります。
- この電気泳動のバンドの有無の結果を用いて、POT値解析用エクセルシートに二進法で入力し、3つのカテゴリーのPOT値を算出します。
- PCR PCが陽性の場合、その検体はアシネトバクター属菌であることが確認できます。
- POT値1が1000未満であればA. baumannii、1000以上2000未満であればA. pittii、
2000以上3000未満であればA. nosocomialis、3000以上4000未満であればA. sp. close to 13TU、
4000以上であればアシネトバクター属菌であるが菌種は不明と判定されます。 - 検体間のPOT値を比較することで、A. baumanniiの菌体間の相同性を客観的に推測できます。
- 集団感染から得られた菌体はPOT 1 ～ 3 のPOT値が全て同一になります。
解析結果
| カテゴリー | サンプル番号 | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 2 | 3 | 4 | 5 | 6 | 7 | 8 | 9 | 10 | 11 | |
| POT 1 | 122 | 122 | 122 | 122 | 69 | 69 | 72 | 104 | 1078 | 2105 | 3105 |
| POT 2 | 59 | 59 | 26 | 53 | 46 | 42 | 0 | 8 | 0 | 0 | 0 |
| POT 3 | 54 | 54 | 54 | 41 | 59 | 27 | 8 | 0 | 0 | 0 | 0 |
製品一覧
| 製品番号 | 製品名 | 保存温度 | 規格 | 包装 | 詳細 |
|---|---|---|---|---|---|
| 08062-96 | ｼｶｼﾞｰﾆｱｽ 分子疫学解析POTｷｯﾄ(ｱｼﾈﾄﾊﾞｸﾀｰ属菌用) | 冷凍 | 分子生物学用 | 1pack(30回分) |  |
| 08178-96 | ｼｶｼﾞｰﾆｱｽ DNA抽出試薬 | 冷蔵 | 分子生物学用 | 1pack(120回分) | |
★本キットは愛知県から特許許諾を得て、製造販売しております。
★他メーカーの商品に関するライセンス・パテントについては、各メーカーにご確認ください。
★製品の仕様は、製品の改良のため変更する場合がございます。あらかじめご了承ください。
・「法律」,「SDS」,「在庫」など詳細情報は、[Cica-Webで確認]ボタンをクリックいただきご確認いただけます。
・試薬のご購入とご使用に際して
パンフレット
シカジーニアス® 分子疫学解析POTキット（アシネトバクター属菌用）
取扱説明書
シカジーニアス®分子疫学解析POTキット（アシネトバクター属菌用）
計算シート（ZIPファイル、エクセル）
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