シカジーニアス分子疫学解析POTキット（黄色ブドウ球菌用）｜シカジーニアス分子疫学解析POTキットシリーズ｜DNA・RNA研究｜ライフサイエンス

シカジーニアス® 分子疫学解析POTキット（黄色ブドウ球菌用）

メチシリン耐性黄色ブドウ球菌（MRSA）は医療関連感染の主な原因菌であり、この蔓延防止には菌体間の相同性などを解析し、適切な拡散予防策を講じる必要があります。
藤田医科大学の鈴木匡弘先生により開発されたPCR-based ORF Typing（POT法）は、マルチプレックスPCRを用いて複数の特定遺伝子を同時に増幅し、アガロース電気泳動で検出された増幅バンドパターンを解析し、菌体間の相同性を比較する方法です。

特徴

約4時間以内で分子疫学解析が可能
パルスフィールドゲル電気泳動（PFGE）と異なり、汎用的な機器で測定可能
解析結果を数値化（POT値）にすることで、菌体間の相同性を比較可能

キット構成(120回分)

	個別名称	容量	数量
試薬A	AptaTaq DNA Master（5×Conc.）*	1000 µL	1 本
試薬B	PCRサプリメント	1000 µL	1 本
試薬C	プライマーミックスα	500 µL	1 本
試薬D	プライマーミックスβ	500 µL	1 本
試薬E	ポジティブコントロール	1000 µL	1 本
試薬F	6×ローディングバッファー	1000 µL	1 本

＊AptaTaq DNA Master（5×Conc.）は、Roche Diagnostics K.K.の商品です。

操作手順

黄色ブドウ球菌を単離する（培養）
DNA抽出を行い、テンプレートDNAを調製
2種類のマルチプレックスPCR
アガロースゲル電気泳動
バンドパターンの読み取り
POT値の算出
各検体でのPOT値の比較解析

解析方法

電気泳動のパターン
50 ： 50 bp DNAラダー
P：ポジティブコントロール
1：ATCC® 700699（MRSA Mu50）
2：ATCC® BAA-1556（MRSA USA300）
3：ATCC® 43300（MRSA）
4：ATCC® 25923（MSSA）
5：ATCC® 29213（MSSA）
6,7：集団感染事例1から得られた臨床分離株
8,9：集団感染事例2から得られた臨床分離株

藤田医科大学　鈴木匡弘先生のご厚意により、電気泳動パターンの実例データをご提供頂きました。

検出ORFの種類（ターゲット領域）とそのPCR増幅産物サイズ

	POT No.	増幅サイズ（bp）	ターゲット領域
Reaction mixture 1	femA	601	S. aureus positive control
	POT 1-1	530	mecA
	POT 1-2	449	mec gene complex class B
	POT 1-3	355	SCCmec type Ⅱa specific
	POT 2-1	304	Tn554
	POT 2-2	271	Prophage-1
	POT 2-3	228	Prophage-2
	POT 2-4	197	Prophage-3
	POT 2-5	161	Prophage-4
	POT 2-6	131	Prophage-5
	POT 2-7	104	Prophage-6
	POT 2-8	81	Genomic Island
Reaction mixture 2	femA	601	S. aureus positive control
	POT 1-4	477	cassette chromosome recombinase A2
	POT 1-5	388	遺伝的バックグラウンド(Genomic Islet)
	POT 1-6	320	遺伝的バックグラウンド(Genomic Islet)
	POT 1-7	273	mec gene complex class A
	POT 3-1	243	Prophage-7
	POT 3-2	197	Prophage-8
	POT 3-3	171	Prophage-9
	POT 3-4	140	Prophage-10
	POT 3-5	115	Prophage-11
	POT 3-6	95	Prophage-12
	POT 3-7	78	Prophage-13

2つのマルチプレックスPCRの電気泳動結果からバンドパターンを読み取ります。
この電気泳動のバンドの有無の結果を用いて、POT値解析用エクセルシートに二進法で入力し、3つのカテゴリーのPOT値を算出します。
1. femAが陽性の場合、その検体は黄色ブドウ球菌であることが確認できます。
  また、MRSAの場合、POT 1の値の合計は64以上になります。
2. 検体間のPOT値を比較することで、菌体間の相同性を客観的に推測できます。
3. 集団感染から得られた菌体は、POT 1～3のPOT値が全て同一になります。

解析結果

カテゴリー	サンプル番号
カテゴリー	1	2	3	4	5	6	7	8	9
POT 1	93	106	95	6	4	93	93	73	73
POT 2	255	77	136	16	58	190	190	156	156
POT 3	96	113	66	35	112	103	103	120	120

製品一覧

製品番号	製品名	保存温度	規格	包装
08180-96	ｼｶｼﾞｰﾆｱｽ分子疫学解析POTｷｯﾄ(黄色ﾌﾞﾄﾞｳ球菌用)	冷凍	分子生物学用	1pack(120回分)
08180-97	ｼｶｼﾞｰﾆｱｽ分子疫学解析POTｷｯﾄ(黄色ﾌﾞﾄﾞｳ球菌用)	冷凍	分子生物学用	1pack(30回分)
08178-96	ｼｶｼﾞｰﾆｱｽ DNA抽出試薬	冷蔵	分子生物学用	1pack(120回分)

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